全新GPU應用軟體加速探索更有效的藥物、更高品質的材質

 
 

LAMMPS、GROMACS、GAMESS、QMCPACK加入最強多重GPU 加速科學應用行列

2011年11月10日- N VIDIA今天宣布LAMMPS、GROMACS、GAMESS和QMCPACK等四項主要的材料科學和生化分子模擬應用軟體,已加入多重GPU加速支援,可將以日計算的模擬時間縮短至數小時。

因此,科學家可以用更長的時間研究更大型的分子模型,並擁有更高的準確度,終而能更深入了解對藥物產生的潛在影響,以及新材料的效力。藥物研發人員也可能因縮短研發時間而降低研發成本。

除了AMBER、NAMD和TeraChem等專業應用軟體,再加上今天宣布的四項科學模擬應用加入GPU加速支援後,讓大學、政府和產業研究人員可運用GPU運算威力加速研究的應用軟體數量越來越多。

NVIDIA公司Tesla事業部經理Sumit Gupta表示:「廣泛運用不昂貴、而且可節能的GPU超級運算技術,極有加快科學研究的潛力。這種運算威力的優點對科學而言尤為重要,其中可讓研究人員更快、更準確地模擬蛋白質的生物行為和準藥物反應,比昂貴且耗時的動物研究和病人試用等等方法為徍。」

這四項應用軟體廣為透過超級運算在各主要領域加快模擬進度的科學家採用:

  • GAMESS是一項對設計新型藥物和材料很重要的量子化學應用軟體。它運用各種運算方法來解開各種電子結構和分子特性。
  • GROMACS可將蛋白質和準藥物之間的各種生化分子反應進行模擬。它可用於研究蛋白質的摺疊和聚集,可讓研究人員深入了解阿茲海默症、亨丁頓舞蹈症等疾病,以及一些形成癌症的原因。
  • LAMMPS適用於軟式(生化分子、聚合物)或固態(金屬、半導體)物質的原子級模擬。
  • QMCPACK可模擬各種材料的特性,藉由連續量子的蒙地卡羅模擬法可達到很高的準確度和極佳的擴充性。

美國愛荷華州立大學化學系特約教授暨AMES實驗室應用數學科學計畫主任、GAMESS主持人Mark Gordon表示:「我們想要做到的效能水準,是要達到可高度擴充的程式碼。GPU技術是最有可能讓我們達成這個目標的方法。由於我們協會是一個能源部實驗室,因此節能對我們而言同樣重要,這是採用GPU進行量子化學加速的另一個優點。」

KTH皇家科技學院理論與計算生物物理學教授及斯德哥爾摩大學的AlbaNova大學中心計算結構生物學技術教授Erik Indahl表示:「GROMACS 4.6有了GPU支援後,可望將模擬的運算速度比從前加快2至3倍。模擬的速度越快可讓研究科學家更深入瞭解準藥物的生物行為和與各種疾病相關的蛋白質受體。」

美國橡樹嶺國家實驗室研究科學家Jeongnim Kim表示:「使用QMCPACK的主要運算負載,我們看到單一GPU節點比雙插槽CPU節點多出3倍的節點對節點效能加速。我們也從數百顆GPU的運算中獲得優異的效能擴充。這可讓我們用史無前例的規模和準確度來研究材料的各種特性。」

原始LAMMPS開發者之一, Sandia國家實驗室特約技術人員Steve Plimpton表示:「分子動力學研究人員往往都受到時段限制,而感到無力-他們的時間不足以模擬許多想要探索的現象。而藉由大型GPU叢集,模擬時段則可大幅延長。」

澳洲Victorian Partnership for Advanced Computing運算科學家Michael Kuiper博士表示:「現在在本土就有很多可執行高效率計算的GPU節點,可讓我們用新的方法投入藥物設計,也可在各種疾病機制上有煥然一新的洞悉與發現。透過GPU,我們可以用更低的功耗來執行更多模擬,建置更逼真的模擬。」

有興趣取得這些全新GPU加速的應用軟體免費試用版的生化分子和材料科學研究人員,現在可以註冊成為NVIDIA® Tesla™ MD SimCluster計畫的成員。這個只有透過網路提供的叢集解決方案,專為大型模擬作完整最佳化,也能達到更高的準確度,並可同時大幅縮短模擬時間。

欲瞭解更多NVIDIA Tesla GPU的相關資訊,請瀏覽Telsla網站。 欲瞭解更多NVIDIA CUDA®架構的相關資訊,請瀏覽CUDA網站。

關於NVIDIA (輝達)
NVIDIA(輝達)公司在1999年發明了繪圖處理器(GPU)後,便讓全世界認識到電腦繪圖功能的威力;如今,其處理器啟動從智慧型手機超級電腦等廣泛的產品。NVIDIA(輝達)的行動處理器,普遍應用於手機平板電腦以及車用資訊娛樂系統中。PC遊戲玩家仰賴GPU,享受真正身歷其境的世界。專業人士利用GPU創造電影中精采的視覺效果,也設計出從高爾夫俱樂部到大型噴射客機等各種物件。而研究員運用GPU,可以透過促進科學新領域的發展。NVIDIA(輝達)在美國擁有超過2,100項專利,其中包括現代運算技術基礎之設計與深入研究。欲瞭解更多NVIDIA(輝達)詳細資訊,請瀏覽www.nvidia.com.tw網站。

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本新聞稿可能包含NVIDIA根據目前預期所做出的前瞻性聲明,其中包GPU在特定科學應用上的影像、特色與效應;以及NVIDIA公司專利在現代運算技術上所產生的效應。這些前瞻性聲明包含可能導致實質結果與預期不符之風險與不確定因素。多項重要因素可能導致實際結果與前瞻性聲明所示之結果出現重大差異,所及範圍有全球經濟情況、我們的產品借重第三方協力廠商之製造、組合、封裝和測試之部分;技術發展和市場競爭之影響;更快或更節能技術之發展;設計、製造或軟體的缺失;消費者偏好或需求之改變;業界標準和介面之改變;整合到系統後無法預期的產品或效能降低之技術缺失;以及我們定期提交給美國證券交易委員會(SEC)之Form10-Q(截止於2011年7月31日之財務季度)等報告中的其他詳細因素。NVIDIA在公司官方網站上免費提供定期提交給SEC的報告之副本。這些前瞻性聲明不保證未來的效能,只陳述目前的狀態,除非法律規定,否則NVIDIA沒有意願或義務因為新資訊、未來事件或其他理由而更新或修改任何前瞻性聲明。

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