AMBER 11軟體挹注GPU加速功能 生物學家獲桌上型超級運算效能

 
 
薬物研發科學家實現高達100倍運算效能提升

2010年5月5日 - 藥物研發的相關科學研究曠日費時,但在AMBER 11軟體推出後,將明顯加速漫長的研究過程。AMBER 11是一項可讓生物學家在桌上型PC系統中發揮超級運算威力的軟體工具。

生化學家和分子動力學研究學者最廣泛採用的最新版應用軟體AMBER 11,已針對NVIDIA繪圖處理器(GPU)進行最佳化,讓這項工具的運算速度比傳統藉由CPU運算的作業速度提升高達100倍。現在安裝在桌上型工作站中的GPU可提供以往只有超級電腦才能提供的效能,讓科學家從此不必苦苦等待使用共用超級電腦或部門叢集式伺服器。

美國加州大學聖地牙哥分校的聖地牙哥超級運算中心研究教授,同時也是AMBER主要貢獻成員的 Ross Walker博士表示:「我們所用的超級運算資源長期不堪負荷,讓我們在每次執行模擬時都必須等待一天以上的時間,研究計畫因而也必須延長幾個星期。」

AMBER 11是專為發揮NVIDIA Tesla™ 20系列GPU優點量身設計的軟體,可充分利用密集式平行運算的CUDA™架構以滿足各種高效能運算應用之特定需求。從AMBER使用者社群的早期試用中,Walker博士收到許多報告都指出,在眾多生物分子模擬的運算速度都比以往快30倍以上。

Walker博士表示:「有了GPU,我們現在能夠在桌上型電腦上進行大部分工作,而且這可以改變一切。任何想要投資運算資源的研究單位都應該為每位研究員配備可以運用GPU運算的工作站。」

Wallker博士指出,在模擬一個25,000原子暗合核小體中的十億分之一秒時,只要一顆Tesla GPU就可以提供等同於一台512 CPU核心高效能叢集之運算能力;而在JAC效能評測等較簡單的詳細溶液模擬(explicit solvent simulation)中,一顆Tesla GPU就可達到媲美48核心NSF Ranger超級電腦的效能。」

NVIDIA公司垂直應用行銷總經理Andrew Cresci表示:「數量級的效能提升可促成全新科學之出現,而我們與Walker博士合作的研究成果就是其中一項突破。由於GPU提供可觀的速度,更重要的是科學家現在可以容易運用藉由GPU運算的工作站,因此他們可透過AMBER 11測試更多理論和模擬不同的情境分析。」

欲了解有關AMBER 11的資訊,請瀏覽http://ambermd.org/gpus/網站。AMBER是NVIDIA的Tesla Bio Workbench計畫中的一項元素,這項計畫可讓生物物理學家與運算化學家在生物化學研究中運用GPU挑戰極限,創造驚人成果。有關計畫的詳細資訊,請瀏覽http://www.nvidia.com.tw/object/tesla_bio_workbench_tw.html網站。

 

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NVIDIA公司在1999年發明了繪圖處理器(GPU)後,便讓全世界認識到電腦繪圖功能的威力;從此,NVIDIA藉由在各種可攜式媒體播放器、小筆電到工作站等裝置中採用的突破性、互動式繪圖功能,不斷為視覺運算定義各種全新標準。NVIDIA在可編程繪圖處理器領域的專精為平行處理技術帶來各種突破,並讓超級運算技術在價格上變得平易近人,因而廣被採用。Fortune雜誌連續兩年將NVIDIA評為半導體產業最具創新力企業第一名。欲瞭解更多NVIDIA詳細資訊,請瀏覽www.nvidia.com.tw網站。

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