NVIDIA

NVIDIA Success Story



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UIUC


挑戰


伊利諾大學香檳分校(UIUC)的奈米分子動力學(NAMD)以及視覺化分子動力學(VMD)在模擬及視覺化分子生物進程上均為強大且廣為應用的工具。模擬複雜的分子系統十分費時,且需要大規模而精密的計算集群。


解決方案


為了提高性能,伊利諾大學的研究人員將「cionize」離子配置工具移植到NVIDIA的GPU運算解決方案。其目標是加快計算相互作用的生物分子和離子之計算密集型核心程式。如此,伊利諾大學的研究人員在離子模擬上取得較18CPU的集群高於100倍的速度提升(根據總CPU時間與總GPU時間之比較而得)。

得力於3GPU的工作站,一個使用VMD工具進行單位時間平均靜電的類似計算實現達705 gigaflops的性能。這出色的表現讓任何一位生物科學研究員的工作站都具備相當於一個計算集群的效能。


影響


有了GPU計算,這些分子模擬已不再受限於機房裡的配備。藉由在個別實驗室的工作站和桌上型電腦進行模擬,各專案不再需要彼此競爭稀少的計算資源,並且研究人員可以在他們需要,而非他們能被安排進行程表時獲得計算成果。

甚且,有了配備GPU的大型伺服器集群,新階段的問題在有了一年前還只是個夢想的必要計算能力後也得以解決。

NAMD與NVIDIA計算解決方案的聯手是尖端研究與軟體開發的一次緊密結合,旨在利用全國最快的超級電腦解譯活體細胞的最小組成部分。這些新計算工具加快了藥物發現及其他解開生物進程之重大研究的腳步。

更多資訊,請至: http://www.ks.uiuc.edu/
更多關於NVIDIA的GPU計算解決方案資訊,請至 http://www.nvidia.com.tw/object/tesla_computing_solutions_tw.html