CUDASW++ on Tesla GPUs
CUDASW++為針對Smith-Waterman蛋白質資料庫搜尋的生物資訊軟體，利用NVIDIA Tesla GPU的龐大平行CUDA架構執行較NCBI BLAST快上10至50倍的序列搜尋。CUDASW++可支援長達59K的查詢長度。
下載與安裝
- 下載CUDASW++
- CUDASW++ 發行說明 (安裝, 使用指南)
測試數據
CUDASW++能利用多個GPU，且運作速度較NCBI BLAST快上10至50倍，可利用多達30顆GCPU處理超過5000的查詢長度。BLAST是一種啟發式演算法，而CUDASW++則能利用Smith-Waterman演算法進行最佳的局部比對。
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技術文章與簡報
- CUDASW++:最佳化CUDA繪圖處理器的Smith-Waterman序列資料庫搜尋, Y. Liu, D. Maskell, B. Schmidt: BMC Research Notes 2009, 2:73
- 更多有關利用GPU加速生物資訊應用程式的出版品。
論壇
GPU 解決方案
使用者可在搭載繪圖處理器的桌上型個人超級電腦或資料中心中，進行Tesla Bio Workbench應用程式配置。 這些建構於革命性大量平行CUDA架構上的解決方案是針對加速運算科學的研究結果而量身設計而成。
建議硬體配置
| 桌上型工作站配置 | 資料中心配置 |
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