NAMD on Tesla GPUs
從2007年開始，伊利諾大學香檳分校(UIUC)的研究團隊便使其 奈米分子動力學 (NAMD)利用CUDA加速將速度提升。他們在 NCSA 以Tesla為基礎的Lincoln叢集中進行了大量的實驗，並展示出4顆Tesla繪圖處理器的運算效能可超越擁有16個四核心CPU 的叢集。
下載與安裝
- 下載NAMD 2.7 beta 2版本的二進位檔(Binaries) (伊利諾大學香檳分校(UIUC)官方網站)
- 注意事項
測試數據
您可從以下測試結果看出，利用Tesla GPU 叢集執行的NAMD效能大幅提升。
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| 以上數據由伊利諾大學香檳分校(UIUC)理論和計算生物物理組提供 |
技術文章
您可前往伊利諾大學香檳分校(UIUC)的網站，以取得NAMD和VMD之GPU加速的一些相關文章。欲了解更多，您也可以透過參考分子動力學頁面獲得更多利用CUDA加速分子動力學之應用程式的相關資訊。
歡迎參考分子動力學頁面以獲得更多分子動力學加速之應用程式的相關資訊。
相關簡報
- 由Klaus Schluten’s Group所發布之於VMD與NAMD中進行GPU加速的相關文章與簡報
- 2009年超級電腦大會(SC09)中針對VMD與NAMD之探討: 透過GPU運算將分子模擬應用程式進行加速 - 由貝克曼先進科技學院(Beckman Institute for Advanced Science and Technology)、伊利諾大學香檳分校John Stone所發表。
- 2009年GPU技術大會中針對VMD與NAMD之探討: 透過GPU加速之VMD視覺化與分析 - 由貝克曼先進科技學院(Beckman Institute for Advanced Science and Technology)、伊利諾大學香檳分校John Stone所發表。
- 更多利用GPU為分子動力學應用程式進行加速的相關文章
- 更多利用GPU為量子化學應用程式進行加速的相關文章
論壇
訪談 /影片- NVIDIA nTersect 中的2009年超級電腦大會(SC09)部落格: 利用NVIDIA繪圖處理器研究H1N1病毒。
- 2008年超級電腦大會(SC08) 中 與James Phillips的訪談， 貝克曼先進科技學院(Beckman Institute for Advanced Science and Technology)、伊利諾大學香檳分校。
GPU 解決方案
使用者可在搭載繪圖處理器的桌上型個人超級電腦或資料中心中，進行Tesla Bio Workbench應用程式配置。 這些建構於革命性大量平行CUDA架構上的解決方案是針對加速運算科學的研究結果而量身設計而成。
建議硬體配置
| 桌上型工作站配置 | 資料中心配置 |
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