Tesla

GPU 應用

分子動力學

分子動力學極為適用NVIDIA繪圖處理器龐大的平行架構。在以下的圖表中,我們會特別說明VMD方面的工作以及分子動力學套裝軟體,例如 NAMD和HOOMD

Molecular Dyanamics

AMBER 和 NAMD 快了五倍

AMBER 和 NAMD 的運作速度提升 5 倍之多。 今天就參加免費的GPU試用活動。 >
Molecular Dynamics Ion Placement VMD

AMBER AMBER軟體中的Generalized Born模擬
聖地牙哥超級運算中心

Molecular Dynamics Lennard Jones

GPU叢集上的NAMD效能提升
伊利諾大學香檳分校(UIUC)理論和計算生物物理組

下載CUDA的分子動力學軟體
> HOOMD:高度最佳化物件導向分子動力學
> LAMMPS GPU埠
> GPUGrid.net
> OpenMM資料庫被用於在GPU上加速分子動力學
> ACEMD 生物分子動力學套裝軟體
> BigDFT : DFT (密度函數理論)電子結構編碼 -- PDF檔案
> TeraChem: 首款針對CUDA繪圖處理器重頭編寫的量子科學碼


 
CUDA的分子動力學報告
> 加速VASP:利用GPU加速電子架構平面波計算效率。
> NAMD和VMD刊物
> 基於GPU硬體的光滑粒子-Mesh Ewald (Smooth Particle-Mesh Ewald ;PME)方法
> 在GPU(图形处理器)上加速AMBER分子动力学模拟
> 高度最佳化物件導向分子動力學
> 螢光顯微鏡技術
> 取得MD模擬的強大力量
> 蛋白質折疊研究計畫 (運作GROMACS)
> Todd Martinez work on Quantum Chemistry on GPUs
> Q-Chem on CUDA

CUDA – 針對相關垂直領域的加速
> 計量化學
> 醫療成像
> 生醫資訊和生命科學
> 用於 C, C++, FORTRAN 的 ArrayFire GPU 函式資料庫
> MATLAB加速
 
亦可參考
> Tesla/CUDA成功案例
> 其它Tesla纵向解决方案
> CUDA軟體開發工具和資料庫
> Buy Tesla