- 分子動力學
分子動力學極為適用NVIDIA繪圖處理器龐大的平行架構。在以下的圖表中，我們會特別說明VMD方面的工作以及分子動力學套裝軟體，例如 NAMD和HOOMD
NVIDIA Tesla Bio Workbench的推出，提供給生命科學家與計算化學家挑戰生化研究極致結果的利器，以優化科學工作流程並加速研究速度。了解更多相關資訊。
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| AMBER AMBER軟體中的Generalized Born模擬 聖地牙哥超級運算中心 |
GPU叢集上的NAMD效能提升 伊利諾大學香檳分校(UIUC)理論和計算生物物理組 |
專攻分子動力學之獨立軟體開發商(ISV)及採用CUDA的應用程式
| 獨立軟體供應商(ISV) | 說明 | GPU 優勢 |
| AMBER 11 | 力學立場的模擬，基於CUDA的隱性＆顯性溶液 | 速度加快十倍：從CPU處理需數分鐘縮短至GPU的數秒鐘 |
| NAMD | 針對大型分子系統的高效能模擬而設計 | 四顆GPU的效能表現優於由十六顆四核心CPU所組成的叢集。 |
| GROMACS | 模擬複雜的生化分子鍵作用力 | 速度加快三至五倍： 加速PME和隱性溶液Generalized Born方法 |
| VMD | 以3-D繪圖視覺化和分析大型生物分子系統 | 速度加快二十至一百倍: 讓分子系統的互動和3-D顯示成為可能 |
| Schrodinger Core Hopping | 快速篩選新核心以改善藥物特性 | 更快、更精確及更創新的藥物研發 |
| NWCHEM | 針對高效能運算(HPC)叢集設計的計算化學套裝軟體 | 預定發行日期：2010年第三季 |
下載CUDA的分子動力學軟體
- VMD中GPU加速功能相關資訊
- 包括CUDA加速的NAMD 2.7 Beta 2版
- HOOMD：高度最佳化物件導向分子動力學
- LAMMPS GPU埠
- MDGPU
- GPUGrid.net
- OpenMM資料庫被用於在GPU上加速分子動力學
- 使用Open MM的GROMACS
- ACEMD 生物分子動力學套裝軟體
- AMBER(即將推出) – 請參考使用OpenMM的論文
- BigDFT : DFT (密度函數理論)電子結構編碼 -- PDF檔案
- TeraChem: 首款針對CUDA繪圖處理器重頭編寫的量子科學碼
- 加速VASP：利用GPU加速電子架構平面波計算效率。
- 在2008超級運算大會針對NAMD 和 VMD推出的CUDA指導
- NAMD和VMD刊物
- 基於GPU硬體的光滑粒子-Mesh Ewald (Smooth Particle-Mesh Ewald ;PME)方法
- 在GPU（图形处理器）上加速AMBER分子动力学模拟
- 高度最佳化物件導向分子動力學
- 螢光顯微鏡技術
- 取得MD模擬的強大力量
- 蛋白質折疊研究計畫 (運作GROMACS)
- Ascalaph流體MD