CUDA-MEME on Tesla GPUs
CUDA-MEME為一款以MEME(版本3.5.4)為基礎的基序(motif)發現軟體，利用NVIDIA Tesla繪圖處理器的CUDA大量平行運算架構為MEME進行加速。CUDA-MEME可支援MEME中的OOPS和ZOOPS模型。
下載與安裝
- 下載CUDA-MEME
- 安裝指示和使用指南亦包含於軟體下載中。
測試數據
運作於Tesla C1060 GPU的CUDA-MEME的速度較運作於x86 CPU的MEME快上23倍。利用GPU，可將CPU所需數小時的運算時間大幅縮減為僅需幾分鐘。下圖數據為四組數據集的OOPS(每個序列出現一次)模型
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技術文章與簡報
- 使用CUDA繪圖處理器加速生物基因序列中的序發現, Y. Liu, B. Schmidt, W. Liu, D. Maskell: Pattern Recognition Letters, October 2009
- GPU-MEME:使用繪圖硬體加速DNA序列中的序辨識, C. Chen等, Lecture Notes in Computer Science, Volume 5265, 2008
- 更多有關利用GPU加速生物資訊應用程式的出版品。
論壇
GPU 解決方案
使用者可在搭載繪圖處理器的桌上型個人超級電腦或資料中心中，進行Tesla Bio Workbench應用程式配置。 這些建構於革命性大量平行CUDA架構上的解決方案是針對加速運算科學的研究結果而量身設計而成。
建議硬體配置
| 桌上型工作站配置 | 資料中心配置 |
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