CUDA-EC on Tesla GPUs
CUDA-EC為一針對短讀(short reads)的快速平行序列錯誤修正工具。它利用NVIDIA Tesla GPU的龐大平行CUDA架構修正高流量短讀(HTSR)數據中的定序錯誤並加速HTSR。錯誤修正是許多DNA片段組合工具的前置處理程序，對於高流量定序設備的用處相當大。
下載與安裝
- 下載CUDA-EC
- 安裝指示和使用指南亦包含於軟體下載中。
測試數據
運作於Tesla C1060 GPU上的CUDA-EC的速度較運作於x86 CPU的Euler-SR快上20倍。使用GPU可將CPU需花費的數分鐘運算時間大幅縮減為僅需幾秒鐘。下列圖表為五個不同參照基因的1%, 2%, 和 3%錯誤率，由A1, A2, A3等表示。
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技術文章與簡報
- 利用CUDA加速高流量短讀DNA定序數據中的錯誤修正 , H. Shi 等:高效能計算生物學國際研討會(HiCOMB 2009)
- CUDA繪圖硬體高流量短讀數據錯誤修正平行演算法, H. Shi等:刊登於計算生物學期刊
- 更多有關利用GPU加速生物資訊應用程式的出版品。
論壇
GPU 解決方案
使用者可在搭載繪圖處理器的桌上型個人超級電腦或資料中心中，進行Tesla Bio Workbench應用程式配置。 這些建構於革命性大量平行CUDA架構上的解決方案是針對加速運算科學的研究結果而量身設計而成。
建議硬體配置
| 桌上型工作站配置 | 資料中心配置 |
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