AMBER on Tesla GPUs
AMBER應用程式已利用支援CUDA技術的GPU，為其顯式溶液(explicit solvent)PME(Particle Mesh Ewald)分子動力及隱式溶液(implicit solvent)GB(Generalized Born)方法的模擬進行加速。若搭配植基於CUDA架構的Tesla繪圖處理器解決方案，將可提供較單一四核心CPU高出 10倍的加速效能。
下載與安裝
- 下載AMBER 11 (支援CUDA繪圖處理器)
- 隱式溶液Generalized Born模擬
- NVE、NVT和NPT等正則系綜(canonical ensemble)中的顯式溶液PME模擬
- 安裝指示，請點擊此處
測試數據
顯示溶劑(explicit solvent) PME和隱式溶劑(implicit solvent) GB的測試分數資料。用戶可透過AMBER 11 NVIDIA測試標準頁面，查詢到更多由聖地牙哥超級運算中心所提供的詳細資料。
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技術文章與簡報
- 即將發表AMBER 11 GPU 加速工作的全新相關文章
- 新推出的旗艦級Tesla M2090 CPU創下AMBER分子動力模擬的新紀錄
- 2010 GPU技術大會：針對GPU和GPU叢集重新設計分子動力學 – 由NVIDIA公司Scott Le Grand所發表
- 2010 GPU技術大會：將GPU帶進主流分子動力學套裝軟體中 – 由聖地牙哥超級電腦中心Ross Walker所發表
- 2009年超級電腦大會(SC09): NVIDIA針對AMBER提供之支援總覽-獲取的經驗與得到的能力 – 由 聖地牙哥超級運算中心Ross Walker於2009年繪圖處理器技術大會所發表。
- 2009年繪圖處理器技術大會: 利用繪圖處理器運算計算生物物理與遠距靜電 – 由NVIDIA公司Scott Le Grand所發表。
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論壇
訪談 /影片
- NVIDIA總裁黃仁勳於2010GPU技術大會上的演說影片
- NVIDIA nTersect 中的2009年超級電腦大會(SC09)部落格: 透過NVIDIA CUDA技術，AMBER研究碼得到驚人的收穫
GPU 解決方案
使用者可在搭載繪圖處理器的桌上型個人超級電腦或資料中心中，進行Tesla Bio Workbench應用程式配置。 這些建構於革命性大量平行CUDA架構上的解決方案是針對加速運算科學的研究結果而量身設計而成。
建議硬體配置
| 桌上型工作站配置 | 資料中心配置 |
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